在哈佛大学的时候，余老师的研究方向有一些主要的改变。他1962年的博士论文 (“Views of Life and Death in Later Han China”)可以说是一种宗教史的题目。五年以后，他的Trade and Expansion in Han China: A Study in the Structure of Sino-Barbarian Economic Relations (Berkeley, 1967)出来，所以他的注意力转到经济史、民族关系史和制度史。然后，他从汉代跳到清代，而从经济制度史深入学术思想史。他至少告诉过我一次：美国学术界对具体制度史不太有兴趣或了解，给他们念思想史比较适当。但很有趣，他自己后来不继续写英文的专著，而在美国拿到永久职位以后，就进一步更加功夫写中文书，面对东亚读者。比方说，他下两本书就是：《方以智晚节考》(香港，1972)和《论戴震与张学诚》(香港，1976)。1976年他也出版了《历史与思想》；这是头一本在台湾出版的书，故他与台湾出版社最早、永久的关系就是联经出版事业公司。给我这个研究生更深刻的影响，老师腾越我所注重的宋代；好像老师觉得宋学太抽象。
除了单独会面，最主要和余师接触的机会是上课。在余老师的学生当中，我最特别的经历就是长期担任他的助教。在老师工作过的学校，不算密西根大学的话，哈佛、耶鲁、普林斯顿之中以耶鲁最为重视大学部教育，起码在1980年代是如此。它有完整的助教制度，所有大学部的基础课，不管修课人数多少，都配有助教，专门的课有时也有。我到耶鲁的第二年就担任余师的助教。其实，以我当时的英文能力以及对美国了解的程度，都不足以当此任，但余师原来的助教Kandice Hauf学长因故无法续任，我只好硬着头皮顶上。余师找我任此职时，我也看得出他的为难，这件事后来勉力撑过，也奠下我尔后长任助教的基础。我一共担任过余老师三或四次的助教，记得除了一次是「中国思想史」(Chinese Thought in Historical Perspective)，其它都是传统中国史的导论课(The History of China to 1600)。透过一再聆听余师的讲演课，我得知他对中国历史有着通贯的了解，这对我有很深的影响。往后我自己做研究，无论课题有多专门，很自然就会考虑起这些课题或所牵涉现象的各种历史意义。
在耶鲁时，余师在我心中最鲜明的影像是，他是一位深刻、博学而充满活力的知识人、学者。这是他创造力爆发的时期，他的许多重要著作都写于这几年，以下是其中篇幅较大的：《从价值系统看中国文化的现代意义》、《中国近代思想史上的胡适》、《中国近世宗教伦理与商人精神》、〈汉代循吏与文化传播〉、〈清代学术思想史重要观念通释〉、〈方以智自沉惶恐滩考〉、〈陈寅恪的学术精神和晚年心境〉、〈陈寅恪晚年诗文释证〉、〈陈寅恪晚年心境新证〉。这段时期的作品有的原为单独刊行，后来都集入《中国思想传统的现代诠释》、《陈寅恪晚年诗文释证(增订新版)》二书之中 。在耶鲁时期，余师也发表了不少英文论文，没有中文版而具份量的有：“Morality and Knowledge in Chu Hsi’s Philosophical System”，以及收入剑桥中国史第一册秦汉卷的“Han Foreign Relations” 。后面一篇应该是在1970年代写就，出版已在1986年。就对余师学术生涯的了解而言，这些著作有的是他青年时期汉史研究的持续，有些是中年早期明清学术思想史研究的扩展，有的则是新开创的课题。关于后者，最明显的是《中国近世宗教伦理与商人精神》，这本书除了本身的原创性贡献，也开启了余师后来对于商人文化、明清儒学转向的研究。透过对胡适、陈寅恪的探讨，他也开始大量撰写有关中国近代思想的论着。另外值得一提的是“Morality and Knowledge in Chu Hsi’s Philosophical System”，这原系1982年7月在夏威夷国际朱子学会议提出的论文，于1986年正式刊布 。这是余师第一篇关于朱熹的著作。在我的印象里，他为写此文重读《朱子语类》，应该至少是他第二次读此大着。余师后来会有《朱熹的历史世界》、《宋明理学与政治文化》问世，背后是有极深的积蓄的。
世事如梦，我虽然在耶鲁度过了充实的求学生涯，其间的细节大都已随时光化去。现在试着捕捉关于余师几件印象极深的事。有一次，我以助教的身分去上他的大学部讲演课。当时余师刚从台湾回来，课后他告诉我，他这次到台湾，在去程的17小时旅途中，一口气读完Hannah Arendt的The Human Condition，空中小姐觉得很奇怪，哪有人坐那么久的飞机不休息的。余师应该是坐头等舱，服务人员很清楚他的动静。他以聊天的轻松口吻告诉我这件事，我听了却大吃一惊，The Human Condition是一本三百多页的思想巨著，余师在一次飞行中就通读此书，实在反映了他在求知思考上的超人动力。
另一件事发生于我在耶鲁的第四年，可能是上学期。当时在成功大学任教的张永堂先生来耶鲁历史系担任访问学人，一天我和他以及余师一起进午餐。余师的办公室在研究生院大楼 (Hall of Graduate Studies, 简称HGS)三楼，他通常在大楼外York Street的一家餐厅吃简餐，我们那次也在这个地方。席间不记得张先生问了什么，余师响应之间说了一句话，意思是「我每天都在想问题」。我听到楞了一下，心里想，这话是不是说得有些随意，没想到张先生立刻反问：「你是说每天都想问题吗？」重点在「每天」二字。余师正色作答：「是每天，我没有一天不想问题的。」这一句「夫子自道」让我真正认识到，他的学术生命是什么样的状态。余师向来主张学思兼顾，但从对他的观察，我感觉，要有真知灼见，「思」的相对重要性可能还是高一些。当然，这个「思」不能是个人钻牛角尖，而必须带有严肃的自我省视的习惯和能力。